Henry Kissinger nhận được bằng cử nhân[20] về khoa học chính trị từ Đại học Harvard vào năm 1950, nơi ông sống trong Nhà Adams và được hướng dẫn của William Yandell Elliott.[21]. Ông tiếp tục nhận bằng thạc sĩ và tiến sĩ tại Đại học Harvard vào năm 1951 và 1954. Năm 1952, khi còn là sinh viên tốt nghiệp tại Harvard, ông làm cố vấn cho giám đốc của Ban chiến lược tâm lý.[22] Luận án tiến sĩ của ông có tựa đề là "Hòa bình, hợp pháp và cân bằng (Một nghiên cứu về sự khéo léo của Castlereagh và Metternich)".[23]

Kissinger vẫn ở Harvard với tư cách là thành viên của khoa trong Bộ Chính phủ và cùng với Robert R. Bowie, đồng sáng lập Trung tâm các vấn đề quốc tế vào năm 1958, nơi ông làm phó giám đốc. Năm 1955, ông là cố vấn cho Ban điều phối hoạt động của Hội đồng Bảo an Quốc gia. Trong thời gian 1955 và 1956, ông cũng là giám đốc nghiên cứu về vũ khí hạt nhân và chính sách đối ngoại tại Hội đồng Quan hệ đối ngoại. Ông phát hành cuốn sách Vũ khí hạt nhân và Chính sách đối ngoại vào năm sau.[24] Từ 1956 đến 1958, ông làm việc cho Quỹ anh em Rockefeller với tư cách là giám đốc của Dự án nghiên cứu đặc biệt.[22] Ông là giám đốc Chương trình Nghiên cứu Quốc phòng Harvard từ năm 1958 đến 1971. Ông cũng là giám đốc của Hội thảo Quốc tế Harvard từ năm 1951 đến 1971. Ngoài học viện, ông làm cố vấn cho một số cơ quan chính phủ, bao gồm Văn phòng Nghiên cứu Hoạt động, Cơ quan giải trừ vũ khí và kiểm soát vũ khí, Bộ Ngoại giao và Tập đoàn RAND.[22]

Muốn có ảnh hưởng lớn hơn đến chính sách đối ngoại của Hoa Kỳ, Kissinger trở thành cố vấn chính sách đối ngoại cho các chiến dịch tranh cử tổng thống của ông Nelson Rockefeller, ủng hộ đề nghị của ông cho đề cử của đảng Cộng hòa vào năm 1960, 1964 và năm 1968. Sau khi Richard Nixon nhậm chức Tổng thống Hoa Kỳ vào năm 1968, ông bổ nhiệm Kissinger chức Cố vấn An ninh Quốc gia.